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En l'an 2035, James Cole (Bruce Willis), en raison de sa très bonne mémoire, est choisi pour une expérience ayant pour but de l'envoyer en 1996 afin de recueillir des informations sur l'« Armée des douze singes », une organisation terroriste. Il est d'abord envoyé trop loin dans le passé et arrive à Baltimore en 1990. Jugé fou pour ses affirmations choquantes sur le futur, il est interné dans un hôpital psychiatrique où il rencontre un autre interné : Jeffrey Goines (Brad Pitt) qui, lui, semble être à sa place !