François Ozon voulait faire un film sur des hommes fragiles dont le titre provisoire était « L’Homme qui pleure ». C’est en découvrant l’affaire Preynat (prêtre lyonnais accusé d’abus sexuels sur des enfants) que l’idée lui est venue de construire une fiction autour de trois de ses victimes devenues adultes. Grâce à Dieu n’est pas une enquête mais un film sur l’intimité d’hommes meurtris dans leur enfance, leur combat et la façon dont ils vivent, trente années plus tard, leur condition de victimes.